หมู่บ้านญี่ปุ่น (Japanese Village) หมู่บ้านญี่ปุ่นในพระนครศรีอยุธยาเป็นพื้นที่ที่ชาวญี่ปุ่นเคยมาอยู่อาศัยในสมัยกรุงศรีอยุธยาที่แสดงให้เห็นว่าประเทศญี่ปุ่นเป็นมิตรกับประเทศไทยมาอย่างยาวนานและได้บอกเล่าเรื่องราวของ นากามาซา ยามาดา ผู้ที่มีบทบาทในการเชื่อมความสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างไทยกับญี่ปุ่น ภายในแบ่งออกเป็น 9 ส่วน คือ ห้องวิดีทัศน์ แผนที่การเดินเรือมายังกรุงศรีอยุธยา แผนที่ภาพถ่ายทางอากาศ ห้องจัดแสดงใต้ท้องเรือ ห้องจัดแสดงเรื่องราวของชุมชนชาวต่างชาติในกรุงศรีอยุธยา ลำดับเหตุการณ์ความสัมพันธ์ไทยและญี่ปุ่น ห้อง E-Book เรือโบราณจำลอง นอกจากนี้ยังมีคาเฟ่ริมแม่น้ำเจ้าพระยาและสวนแบบญี่ปุ่นให้ถ่ายรูปหรือเดินพักผ่อนหย่อนใจอีกด้วย