ท่าเรือฮาโกดาเตะ (Port of Hakodate) ตั้งอยู่ใกล้สถานีฮาโกดาเตะ ท่าเรือแห่งนี้เป็นท่าเรือแห่งแรกที่เปิดให้มีการค้าระหว่างประเทศในปีค.ศ.1854 ในช่วงเดือนเมษายน - เดือนธันวาคม นักท่องเที่ยวสามารถขึ้นเรือบลูมูน (Blue Moon) ชมทิวทัศน์บริเวณรอบท่าเรือฮาโกดาเตะได้